Dovezile existentei umane pe acest teritoriu dateaza de acum 30.000 de ani. Prima societate, numita cultura Jomon, a aparut aproximativ 15.000 de ani mai tarziu. Cam in acelasi timp, poporul Ainu au ajuns cu barca din Siberia. Jamon si Ainu au coexistat mii de ani, vanand, pescuind si cultivand. In 300 i.Hr., poporul Yayoi a ajuns pe Insula Honshu din Coreea si China. Membrii acestuia erau tesatori priceputi, producatori de unelte si fermieri, ce au inceput sa cultive orez pe campiile inundate. In 660 i.Hr., primul imparat al Japoniei, Jimmu Tenno, a venit la putere. Imparatii au controlat Japonia pana in secolul al XII-lea d.Hr., cand conducatorii militari, numiti shoguni, au preluat controlul. Europenii au sosit pentru prima data in Japonia in 1543, aducand cu ei arme si credinta crestina. In 1635, conducatorii au inchis granitele tarii. Dupa doua secole de izolare, in 1868, imparatii au prelaut din nou conducerea. Acesta a fost un moment de mare schimbare si modernizare a Japoniei.

Aproape 4/5 din spatiul terestru al Japoniei este muntos. Alpii Japonezi strabat cea mai mare dintre insule, Honshu. Cel mai inalt munte este Fuji, un vulcan considerat sacru de catre multi locuitori ai tarii. Aici se afla aproximativ 200 de vulcani, 60 dintre acestia fiind activi. Geografic, Japonia pare un loc periculos. Trei dintre placile tectonice care formeaza scoarta Pamantului se intalnesc in apropiere, provocand cutremure puternice. Anual, au loc peste o mie de seisme. Japonezii au o profunda admiratie pentru frumusetea peisajelor, in special a florilor. Vechea religie, shinto (sintoismul), transmite ca trasaturile naturale, cum ar fi muntii, cascadele si padurile, au propriile spirite, precum sufletele oamenilor  - in fapt, acestea reprezinta zeii kami.  Inca de la intrarea in tara, observi ca Japonia, in cea mai mare parte a sa, este acoperita de zone rurale. Dar cu peste 100 de milioane de oameni care traiesc pe o surprafata redusa, viata salbatica a avut de suferit. Poluarea este acum strict controlata, insa constructia drumurilor si alte activitati umane au afectat habitatele naturale. In Japonia, aproximativ 136 de specii sunt pe lista celor cu risc de disparitie.